南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、南京中醫學院、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的中醫藥高等院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。建校60多年來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，培養了新中國中醫藥界最早的學部委員，為新中國中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。
學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生近2萬名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、醫學與生命科學學院、藥學院、衛生經濟管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共10所直屬學院，28個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文等6個學科門類，初步形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展的辦學格局。
學校現有國家一級重點學科1個，國家二級重點學科2個，國家重點(培育)學科2個;江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科2個、重點序列學科2個;國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個。臨床醫學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個一級學科學位授權點和博士后科研流動站; 二級學科博士學位授權點14個，自主設置二級學科博士學位授權點17個;一級學科碩士學位授權點5個，二級學科碩士學位授權點23個，自主設置二級學科碩士學位授權點19個;有專業博士學位授權點1個，專業碩士學位授權點4個，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。
學校現有國家級專業綜合改革試點項目2個，國家級特色專業5個，卓越醫生(中醫)教育培養計劃改革試點項目3個，國家級精品資源共享課程6門，國家級教學團隊2個，國家級人才培養模式創新實驗區1個，國家級實驗教學示范中心3個，國家級大學生校外實踐教育基地1個，國家級規劃教材(主編)33部,國家級教學成果4項。現已建成27所附屬醫院、4所中西醫結合臨床醫學院，各類教學及畢業實習基地逾百所。
