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學校學科特色鮮明，科研基礎堅實。現有省部級以上重點學科26個，其中國家中醫藥管理局重點學科12個、山西省特色重點一級學科1個。學校是國家中藥現代化科技產業(山西)基地、國家國際科技合作基地、國家中醫藥科技合作基地，牽頭組建了山西省首批“2011”重點創新基地“現代中藥&藥食同用中藥產業技術協同創新中心”。現有省部級以上重點實驗室8個、省級科技創新團隊3個。近五年，共獲得科研經費2.6億元，獲得省部級以上科技獎勵39項。
學校學術氣氛活躍，對外交流廣泛。連續多年承辦商務部舉辦的國際針灸技術培訓班，與英國、澳大利亞、新西蘭、日本、韓國等20余個國家的學術機構建立良好合作關系。學校與振東集團、澳大利亞阿德萊德大學聯合建立了中-澳分子中醫藥學研究中心，是我國第一個以國際化產學研聯合模式設在西方著名綜合大學的中醫藥聯合研究中心。
