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學校設有基礎醫學院、藥學院、中醫學院、蒙醫藥學院、公共衛生學院、口腔醫學院、衛生管理學院(自治區衛生政策研究所)、外國語學院、計算機信息學院、護理學院(衛生技術學校)、思想政治理論教研部、實踐教學部、體育教學部、研究生學院、國際教育學院(對外合作與交流中心)、繼續教育學院等16個教學單位,有3所直屬附屬醫院、4所非直屬附屬醫院,8所臨床醫學院。在區內外設有實踐教學基地120個。其中,醫學類專業實踐教學基地50個、非醫學類專業實踐教學基地70個。
經過60年的建設和發展,內蒙古醫科大學為國家培養各級各類人才7萬余名,為自治區經濟發展、社會進步、科技創新、文化傳承、民族團結、邊疆穩定做出了重要貢獻,已成為一所具有鮮明辦學特色的地方高等醫藥院校。2007年,學校順利通過國家教育部本科教學工作水平評估,被評為“優秀”等次。
